O Departamento de Acompanhamento da Execução é responsável pelo monitoramento da implementação física e financeira dos projetos e programas executados com recursos próprios ou oriundos de fontes externas, como convênios, transferências voluntárias e parcerias intergovernamentais. Atua garantindo o cumprimento dos prazos, metas e obrigações pactuadas, além de prestar apoio às unidades executoras quanto à gestão adequada dos recursos e à conformidade com os instrumentos formais de parceria.